Με την μικροβιοκτονία επιτυγχάνουμε τη δραστική μείωση παθογόνων μικροοργανισμών, οι οποίοι μολύνοντας επιφάνειες και εξοπλισμό, απειλούν την υγεία του ανθρώπου. Τέτοιοι μικροοργανισμοί είναι οι ιοί, τα βακτηρίδια οι μύκητες κ.α.

Με την χρήση ψεκαστικών μέσων όπως ψεκαστήρες ή εκνεφωτές επιδιώκουμε την όσο το δυνατό καλύτερη εξάπλωση του απολυμαντικού μέσου σε όλες τις προσβεβλημένες περιοχές.

Σαν απολυμαντικά μέσα χρησιμοποιούνται εγκεκριμένα σκευάσματα τα οποία μπορεί να είναι μίγματα αλδεϋδών, καρβοξυλικά οξέα ή διαλύματα χλωρίου.

Ένα επίσης χρήσιμο εργαλείο για το σκοπό αυτό είναι η ακτινοβολία UVC, με την οποία μέσω μιας ειδικής λυχνίας μπορούμε εύκολα να απολυμάνουμε επιφάνειες όπως πάγκους τροφίμων, γραφεία, πληκτρολόγια υπολογιστών κλπ.